Oprogramowanie może umożliwiać udoskonalanie pakietu i wprowadzanie zmian poprzez modyfikacje programu i struktur danych przy wykorzystaniu uproszczonych technik programistycznych typu CASE lub języków 4L oraz pisanie i inkorporację własnych programów do modułu pakietu. Wbudowanie mechanizmu sterowania przepływem prac usprawnia przebieg prac nad modyfikacją. Niesie to jednak za sobą niebezpieczeństwo wprowadzenia do oprogramowania zmian nie do końca sprawdzonych. Zwykle takie zmiany, jeżeli nie są autoryzowane przez dostawcę, powodują utratę gwarancji i brak dalszej obsługi oprogramowania. Mogą także wystąpić problemy przy przejściu do nowych wersji oprogramowania, jest to kłopotliwe, a na pewno pociąga to za sobą znaczne koszty. Generalnie zaleca się wykorzystanie standardowe możliwości pakietu oprogramowania i ograniczanie zmian do minimum.